A főépület a földszintből és öt emeletből áll és magában foglalja az osztályok többségét.

Földszint:

- Ortopédia - Traumatológia Osztály

- Sürgősségi Betegellátó és Rohammentő Egység

- A kórház zárt rendszerű gyógyszertára

- Egészségügyi Ellátással Összefüggő Fertőzéseket Megelőző Egység

- Integrált szakrendelők:

- Belgyógyászat

- Gasztroenterológia

- Ideggyógyászat

- Urológia

- Kardiológia

- Szülészet – nőgyógyászat

- Sebészet

- Gyermekgyógyászat

- Onkológia

- Mosoda

I. emelet:

- Szülészet - Nőgyógyászati Osztály (Szülészet)

- Újszülöttgyógyászati Osztály

- Gyermekgyógyászati Osztály

- Orvosi Képalkotó és Röntgen Laboratórium

- Sterilizáló központ

- Élelmezési részleg

II. emelet:

- Általános Sebészeti Osztály

        - Idegsebészeti Részleg

- Urológia Osztály

- Intenzív Terápiás Osztály 

- Vérátömlesztő központ

- Műtőblokk

III. emelet:

- Kardiológia Osztály – Koronária Őrző Részleg

- Szülészet – Nőgyógyászati Osztály (Nőgyógyászat)

IV. emelet:

- Belgyógyászati Osztály

- Gasztroenterológia Osztály

V. emelet:

- Ideggyógyászati Osztály

- Onkológia Osztály

A főépülettől 1 km-re található a Fül-orr-gégészeti Osztály és a Rehabilitáció, Fizioterápia és Balneológia Osztály épülete. A főépülettől 2 km-re, egy másik épületben van a Szemészeti Osztály, valamint a Bőr- és Nemigyógyászati Osztály székhelye, illetve egy másik szomszédos épületben található az Elmegyógyászati Osztály. Egy további épületben, a főépülettől 4 km-re, található a Fertőző Osztály (melynek részét képezik a HIV/AIDS, valamint a parazitológiai részlegek) és a Tüdőgyógyászati Osztály. Továbbá Csíkszeredától 35 km-re, Szentegyháza helységben működik a Szentegyházi Egészségügyi Központ.  

A sebészeti osztályok mellett a sebészeti beavatkozások elvégzéséhez szükséges műtőszobák működnek.