A főépület a földszintből és öt emeletből áll és magában foglalja az osztályok többségét.
Földszint:
- Ortopédia - Traumatológia Osztály
- Sürgősségi Betegellátó és Rohammentő Egység
- A kórház zárt rendszerű gyógyszertára
- Egészségügyi Ellátással Összefüggő Fertőzéseket Megelőző Egység
- Integrált szakrendelők:
- Belgyógyászat
- Gasztroenterológia
- Ideggyógyászat
- Urológia
- Kardiológia
- Szülészet – nőgyógyászat
- Sebészet
- Gyermekgyógyászat
- Onkológia
- Mosoda
I. emelet:
- Szülészet - Nőgyógyászati Osztály (Szülészet)
- Újszülöttgyógyászati Osztály
- Gyermekgyógyászati Osztály
- Orvosi Képalkotó és Röntgen Laboratórium
- Sterilizáló központ
- Élelmezési részleg
II. emelet:
- Általános Sebészeti Osztály
- Idegsebészeti Részleg
- Urológia Osztály
- Intenzív Terápiás Osztály
- Vérátömlesztő központ
- Műtőblokk
III. emelet:
- Kardiológia Osztály – Koronária Őrző Részleg
- Szülészet – Nőgyógyászati Osztály (Nőgyógyászat)
IV. emelet:
- Belgyógyászati Osztály
- Gasztroenterológia Osztály
V. emelet:
- Ideggyógyászati Osztály
- Onkológia Osztály
A főépülettől 1 km-re található a Fül-orr-gégészeti Osztály és a Rehabilitáció, Fizioterápia és Balneológia Osztály épülete. A főépülettől 2 km-re, egy másik épületben van a Szemészeti Osztály, valamint a Bőr- és Nemigyógyászati Osztály székhelye, illetve egy másik szomszédos épületben található az Elmegyógyászati Osztály. Egy további épületben, a főépülettől 4 km-re, található a Fertőző Osztály (melynek részét képezik a HIV/AIDS, valamint a parazitológiai részlegek) és a Tüdőgyógyászati Osztály. Továbbá Csíkszeredától 35 km-re, Szentegyháza helységben működik a Szentegyházi Egészségügyi Központ.
A sebészeti osztályok mellett a sebészeti beavatkozások elvégzéséhez szükséges műtőszobák működnek.